È stata fondata nel 1004 dal santo a cui è dedicata, cinquant’anni prima dello scisma fra la Chiesa cattolica ed ortodossa.
L’abate Nilo, nato nella Calabria bizantina e quindi greco di origine e di rito, fondatore di vari monasteri, decise di fondare un monastero sui colli di Tuscolo, sui ruderi di una grande villa romana, dove sembra gli sia apparsa la Madonna.
L’abbazia non venne vista compiuta da Nilo, poiché questi morì a Tusculum l’anno successivo al suo arrivo nell’attuale zona di Grottaferrata. I lavori vennero terminati sotto il controllo di San Bartolomeo, cofondatore dell’abbazia. Le reliquie di Bartolomeo si dovrebbero ancora trovare nell’abbazia, anche se non sono state ritrovate assieme a quelle di Nilo.
I pr
imi archimandriti dell’abbazia dopo san Nilo, che non fu mai egumeno, furono Paolo, Cirillo e san Bartolomeo il Giovane: sotto la loro guida l’abbazia si arricchì di decorazioni, di ricchezze e di possedimenti: in breve, da Grottaferrata dipesero ventidue chiese succursali sparse in tutta l’Italia centro-meridionale. Solo pochi anni dopo la sua fondazione, il monastero ospitava già circa 200 monaci basiliani, e le continue donazioni portarono l’archimandrita a controllare territori vastissimi in Lazio e nel Sud Italia: i feudi campani di Rofrano nella diocesi di Policastro e di Conca della Campania nella diocesi di Caserta, i castelli laziali di Castel de’ Paolis nella diocesi suburbicaria di Albano e di Borghetto di Grottaferrata nella diocesi suburbicaria di Frascati, i casali calabresi di Cotrone, Ungolo e Baracala nell’arcidiocesi di Cosenza, le rettorìe di Diano attuale Teggiano e Saxano nella diocesi di Capaccio, le grangie di San Salvatore nella diocesi suburbicaria di Albano e di Colle Peschio nella diocesi suburbicaria di Velletri ed il monastero di Morbino nella diocesi di Venosa. L’abbazia inoltre ottenne da molti papi il riconoscimento della propria autonomia rispetto ai cardinali vescovi della diocesi suburbicaria di Frascati. Nel 1462 il cardinale Bessarione fu nominato primo abate commendatario dell’abbazia.
Dal XVI secolo, ma in particolare dal XVIII secolo, l’abbazia ha vissuto un momento di rifioritura spirituale, con molti monaci provenienti dalle colonie albanesi di Sicilia e in seguito dalle comunità albanesi di Calabria (arbëreshë). Questi monaci, nel solco della fede orientale, hanno mantenuto vivo il rito bizantino, sopprimendo il pericolo nell’ormai secolare tracollo rituale. I monaci italo-albanesi sostituirono la vecchia guardia latina e latinizzante che aveva preso ampio spazio a Grottaferrata, contribuendo alla rinascita della Badia e diventando notevoli paleografi, liturgisti e musicologi, nonché tra i principali albanologi e bizantinisti del periodo.
Molti dei suoi più illustri monaci, jeromonaci e archimandriti sono italo-albanesi: Lorenzo Tardo, Sofronio Gassisi, Cosma Buccola, Bartolomeo Di Salvo, Gregorio Stassi, Paolo Matranga, Basilio Norcia, Nilo Borgia, Marco Petta dalla Sicilia albanese; Saba Abate, Teodoro Minisci, Stefano e Valerio Altimari, Nilo Somma, Emiliano Fabbricatore dalla Calabria albanese. Questi stessi monaci furono promotori di un attento ecumenismo tra Chiesa d’occidente e Chiesa d’oriente, con missioni di pace e ri-cristianizzazione di territori nei Balcani passati, durante la dominazione turca, all’islam, in particolare in Albania.
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